1、房屋類型有限制：公積金貸款只能用來購買住房，不能用來購買別墅、商業用房、商住兩用房，組合貸款相比純商業性貸款，多了房屋類型方面的限制，因此不好貸。
2、涉及多方機構：二手房組合貸款是指同時申請住房公積金貸款、銀行商業貸款來購買同一套二手住房，會涉及公積金中心、商業銀行兩方機構，若中間還有擔保，就還要涉及擔保機構，三方銜接起來比較復雜、麻煩，因此不好貸。
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3、貸款條件多：二手房組合貸款，要同時滿足公積金中心和商業銀行兩方面的條件，肯定比非組合貸款條件多，當然主要是公積金貸款的條件比較復雜，畢竟有公積金繳存方面的要求。
4、貸款資料多：在辦理二手房組合貸款時，貸款資料都需要提供兩份，而且由于是二手現房，提供的資料也要比一手期房多，比如要多提供售房人的資料，還要多提供契稅完稅證明。
5、貸款審批慢：公積金中心和商業銀行都要按各自的流程審核審批，這就比非組合貸款多了一倍的審批時間，然后公積金中心與商業銀行之間的審批銜接還要花時間，肯定會慢一些。
6、放款速度慢：等組合貸款審批通過，接下來就是組合貸款的合同簽訂、抵押登記手續的辦理，手續辦完后，銀行與公積金中心之間會先有一個劃撥資金的過程，最后再將公積金貸款資金和商業貸款資金同時發放，放款速度相對較慢。
7、貸款期限短：二手房貸款，不管是不是組合貸款，貸款期限一般都會短一些，畢竟會受到房屋建成時間、房屋剩余使用年限等因素影響，可能無法分30年來還，若貸款額度高，則分攤至每月的還款壓力就會較大。
8、還款有限制：公積金賬戶中若余額想用來還貸，就只能優先還公積金貸款部分，這對于不想利用自籌資金且打算提前還款的人來說，也會有不劃算，畢竟有一部分余額肯定是想先還利率高的貸款，這樣才能節省更多利息。
1、如果申請人買的是二手房，因為組合貸款的需要經過兩道審核，所以辦理時間相對會比較久，很多二手房的房主不愿意辦理組合貸款。
2、如果是買新房，組合貸款買房的審核流程漫長，對于開發商而言，回款速度會很慢，因此有很多開發商不接受組合貸款買房。
3、有很多開發商在建房之前就與某家銀行達成了捆綁協議，承諾業主買房也要從該銀行貸款才可以，這種情況之下也沒有辦法辦理組合貸款。因為商業住房貸款業務屬于銀行優質資產，所以銀行與開發商簽訂開發貸款合同的時候，附帶條件就是辦理商業住房貸款。
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